Esta obra neoclásica se inauguró en el año 1782. Se realizó con fondos de la Parroquia y del infante D. Luis de Borbón, hijo de Felipe V y comendador mayor de León. Su principal autor fue Tomás Risueño, organero madrileño.

Remata la caja del órgano un escudo, probablemente el de la provincia santiaguista de León. Realizado en madera policromada y estaño. Sobre el teclado del órgano vemos el relieve de un demonio benéfico de boca grande, nariz y ojos expresionistas, cuernos y barbilla en negro, todo ello envuelto en volutas vegetales de pan de oro. Su función probablemente era la de asustar a los traviesos monaguillos y a cuantos intentasen tocar obras que no fueran religiosas.

Representa 'El martirio de San Bartolomé'. Sus dimensiones son 1,75 metros por 1,40 metros y se data entre 1683 y 1686. Procede del altar de San Bartolomé de la iglesia de Fátima, que antes era el convento de la Limpia Concepción. Hacia 1950 se trasladó a la Iglesia parroquial y se colocó en una de las paredes del presbiterio. Actualmente se encuentra en la Capilla del Rosario. Ha sido restaurado recientemente y atribuido sin discusión al pintor sevillano Valdés Leal, uno de los pintores más importantes del Siglo de Oro, estrictamente contemporáneo de Murillo.

Elementos marmóreos del interior de la iglesia parroquial